El estudio serológico debe efectuarse mientras el paciente consume gluten, ya que el nivel de anticuerpos disminuye tras iniciar una dieta sin o baja en gluten. En opinión de expertos, si durante el proceso diagnóstico el paciente ha retirado el gluten, se recomienda realizar una dieta normal, de al menos 3 rebanadas de pan al día durante 1 a 3 meses, y repetir el estudio serológico.

El tipaje HLA es de baja utilidad para el diagnóstico, dado su bajo valor predictivo positivo. Sin embargo, su alto valor predictivo negativo le confiere gran utilidad para descartar EC en casos de dudas diagnósticas, así como para establecer el riesgo de desarrollar EC en grupos de mayor prevalencia.

En determinados casos en niños y adolescentes se puede realizar el diagnóstico de la enfermedad sin necesidad de biopsia, pues los títulos elevados de anticuerpos antitransglutaminasa IgA, confirmado por la positividad de los anticuerpos antiendomisio en una segunda muestra de sangre, predicen la existencia de lesión de las vellosidades intestinales con gran especificidad.

Los estudios de seguimiento a largo plazo de pacientes diagnosticados en los dos primeros años de vida demostraron que la mayoría de estos con atrofia vellositaria y anticuerpos antiendomisio positivos recaían al realizar la provocación, por lo que los criterios ESPGHAN 2012 eliminaron la necesidad de prueba de provocación en estos casos.