En el tratamiento de la esofagitis eosinofílica en Pediatría, tanto los inhibidores de la bomba de protones como la dieta y los corticoides tópicos deglutidos pueden ser considerados como tratamiento de primera línea. La ventaja de la dieta es la posibilidad de mantener la remisión de la enfermedad, evitando los posibles efectos adversos a largo plazo de los medicamentos. Sin embargo, la decisión debe individualizarse teniendo en cuenta la motivación del paciente y su familia, así como otros factores como la exclusión previa de otros alimentos por alergia IgE mediada.

La esofagitis eosinofílica se considera una enfermedad crónica, ya que en la mayoría de los pacientes se produce recaída de la enfermedad sin tratamiento.

Se ha observado que la enfermedad no tratada puede evolucionar a remodelación esofágica con desarrollo de fibroestenosis, observándose más frecuentemente en el adulto y relacionada con el tiempo de retraso diagnóstico.

El tratamiento antiinflamatorio es eficaz en una proporción importante de niños con estenosis, reservándose la dilatación a aquellos casos sintomáticos que no responden a tratamiento médico.