El momento más idóneo para detectar la COVID-19, tanto en niños como en adultos, es el primer o segundo día tras el inicio de los síntomas, ya que la carga viral en nariz y faringe es máxima alrededor de la semana de la infección, coincidiendo con los 2-3 días previos y los 1-2 primeros días del inicio de los síntomas.

El momento idóneo de para realizar la PCR en pacientes asintomáticos no está claro, ya que tampoco están claros los niveles de ARN viral tras la exposición, ni cuál es el momento en que es detectable. Se recomienda a los 5-7 días tras la exposición basado en la media del periodo de incubación de los pacientes sintomáticos.

Para interpretar la fiabilidad de los resultados de una prueba diagnóstica es necesario, además de las sensibilidad y especificidad, tener en cuenta los valores predictivos positivo y negativo, que a su vez dependen de la probabilidad preprueba. Si la probabilidad preprueba es alta, el valor predictivo positivo también es alto y el valor predictivo negativo bajo, por lo que la probabilidad de verdaderos positivos aumenta, pero también la de falsos negativos. Si la probabilidad preprueba es baja, el valor predictivo negativo es alto y el valor predictivo positivo bajo. Aumenta la probabilidad de verdaderos negativos, pero también la de falsos positivos.

El diagnóstico de reinfección no puede realizarse exclusivamente mediante una nueva PCR, ya que no distingue si el material genético detectado es del virus previo o de uno nuevo. La reinfección solo puede confirmarse mediante secuenciación genómica, para establecer que las infecciones fueron causadas por dos virus diferentes.