Ante la presencia de focalidad neurológica, con afectación de pares craneales, se debe incluir en el diagnóstico diferencial la presencia de un tumor intracraneal. Sin embargo, la clínica del paciente, con mejoría vespertina y en ausencias de otros signos de hipertensión intracraneal, hacen poco probable la presencia de un tumor intracraneal.

Comparte con la miastenia gravis la alteración en la unión neuromuscular, sin embargo, la presentación clínica es diferente. El síntoma más temprano en este síndrome suele ser la debilidad proximal de las extremidades inferiores, que dificulta al paciente el levantarse de una silla o subir escaleras. La afectación de los músculos bulbares o la diplopía es menos común que en la miastenia, aunque se observa ptosis con frecuencia. Los síntomas suelen estar presentes por la mañana y mejorar a lo largo del día con el ejercicio (al contrario que en la miastenia y al contrario de lo que le ocurría al paciente).

La miastenia gravis es la más frecuente dentro de los trastornos de la unión neuromuscular. Lo más característico de este trastorno es un grado variable de debilidad en los músculos oculares, bulbares, de las extremidades o incluso respiratorios, con mejoría matutina de la clínica y empeoramiento a lo largo del día y con el ejercicio.

El botulismo se incluye dentro del diagnóstico diferencial de los síndromes miasteniformes. Los signos físicos que nos podrían indicar la presencia de botulismo serían la oftalmoplejía (tanto externa como interna), con reacciones pupilares lentas, y la presencia de parálisis flácida; datos que no presentaba el paciente.