Aunque los datos de los que disponemos en la actualidad son alentadores, las cepas y dosis empleadas son muy heterogéneas y tanto la ESPGHAN como la NASPGHAN coinciden en indicar que es necesario obtener más evidencia para recomendar el uso de probióticos en niños con trastornos gastrointestinales funcionales ligados al dolor abdominal.

Los estudios preclínicos realizados en modelos murinos demuestran que algunos probióticos pueden modular tanto la motilidad intestinal como la percepción de los estímulos nociceptivos.

Lactobacillus GG y L. reuteri DSM17938 son las cepas más estudiadas en niños. Tres estudios emplean el primero con dosis y tiempo variables (10⁹ ufc-3 × 10⁹ ufc cada 12 horas durante 4,6 u 8 semanas) apreciando con su uso una mayor tasa de respondedores respecto al placebo (definido como no dolor o disminución en la intensidad de este). Cinco estudios emplean L. reuteri DSM17938 a dosis de 1-2 × 10⁸ ufc/día durante un mínimo de 4 semanas y en tres de ellos aprecia una mayor reducción del dolor abdominal respecto al uso de placebo.

Solo se ha publicado hasta la fecha un metanálisis cepa-específico en 2011 que evalúa el papel del Lactobacillus GG a dosis de 10¹⁰ - 10¹¹ ufc, 2 veces al día. Incluye 3 estudios en los que se obtienen mayores tasas de respondedores respecto al placebo en forma de disminución en la intensidad del dolor, aunque no en la frecuencia de este. Cuando el análisis se centra en las entidades clínicas, solo se aprecia mejoría significativa en pacientes con síndrome de intestino irritable.